Южные (Покровские) ворота, построенные по указу царевны Софьи в 1683-1688 гг., увенчаны трёхглавой церковью Покрова Пресвятой Богородицы. Это редкий московский пример надвратного храма с тремя куполами, традиционно характерного для украинского барокко, что подчёркивает влияние Киево-печерских мастеров, прибывших в Москву в 1680-х. Лаконичный кирпичный декор подчёркивает горизонтальный ритм трёх пролетов ворот; внутри устроены два малых предела — Кирилла Белозерского и святителя Николая.
После секуляризации 1922 г. церковь стала складом мебели, а в 1943 г. — монастырским архивом. Капитальная реставрация 2002-2006 гг. восстановила потёртые изразцы фронтонов и золочение крестов. Сегодня здесь хранится частичка пояса Богородицы, привезённая из Афонского Ватопедского монастыря в 2011 г., что делает храм особенно популярным у паломников.
В окрестностях ворот начиналась «Царицына дорога» — путь Софьи Алексеевны в резиденцию в Воробьёво, и современные экскурсоводы показывают сохранившийся вымощенный валуном фрагмент этой дороги, заложенный прямо под южным арочным пролетом.
