Первоначально на территории обители была возведена деревянная церковь в честь Преображения Господня.
В XVII веке монастырь подвергся разорению со стороны польско-литовских захватчиков, что привело к значительным разрушениям и гибели части братии. В июле 1723 года обитель была приписана к Сяндемской пустыни, а в конце XVIII века упразднена с сохранением штата священнослужителей для обслуживания местного прихода.
В 1800 году монастырь был восстановлен как приписной к Александро-Свирскому монастырю. В 1830 году руководство обителью принял монах Исайя (в миру Иоанн Софронов), ранее подвизавшийся в Коневецком монастыре. Ему удалось наладить хозяйственную жизнь монастыря, что способствовало его процветанию. В 1846 году пустынь получила самостоятельный статус, а в 1849 году отец Исайя принял схиму с именем Игнатий и был погребён под алтарём храма Всех Святых.
В 1858 году был построен каменный храм во имя святых преподобных Никифора и Геннадия Важеозерских, под спудом которого находились их мощи. В 1885 году пожар уничтожил многие деревянные строения монастыря. После этого, в 1892 году, был освящён новый пятиглавый деревянный храм Преображения Господня на каменном фундаменте, построенный в русском стиле с резными карнизами и наличниками. В 1896 году была возведена надвратная церковь во имя преподобного Иоанна Рыльского.
В 1918 году монастырь был закрыт, а его имущество передано местному совхозу. В 1991 году обитель возродилась как женский монастырь. Были восстановлены Преображенский храм, колокольня, каменный зимний храм Всех Святых и надвратная церковь преподобного Иоанна Рыльского. В ноябре 2000 года монастырь был преобразован в мужской.
28 июля 2000 года в монастырь из Санкт-Петербурга были перенесены мощи блаженного инока Владимира (в миру Владимир Алексеев), постриженника Важеозерской пустыни. 30 ноября того же года обитель получила мощевик с частицами мощей святого благоверного князя Александра Невского.
