Храм преподобного Иоанна Рыльского является частью архитектурного комплекса Важеозерского Спасо-Преображенского мужского монастыря. Основание монастыря относится к началу XVI века, когда преподобные Геннадий и Никифор, ученики Александра Свирского, основали на берегу озера Важе пустынь. Первоначально обитель включала деревянный Преображенский храм, построенный около 1530 года.
В XVII веке монастырь подвергся разорению польско-литовскими отрядами, в результате чего погибли игумен Дорофей и семь насельников. В XVIII веке обитель была упразднена в ходе церковных реформ Екатерины II, но в 1800 году восстановлена как приписная к Александро-Свирскому монастырю.
Храм Иоанна Рыльского был построен в 1896 году как надвратная церковь монастыря. Архитектурное решение характерно для русского стиля конца XIX века. В 1920-х годах, после закрытия монастыря, храм, как и другие постройки обители, был передан совхозу «Интернационал», созданному на базе монастырского хозяйства.
В советский период здание храма использовалось не по назначению, что привело к его значительному повреждению. В 1990-х годах, после возвращения монастыря Русской Православной Церкви, начались восстановительные работы. Храм Иоанна Рыльского был заново освящен в конце 1990-х годов.
Архитектурно храм представляет собой одноапсидное сооружение с шатровым завершением. Фасад украшен элементами, характерными для русского церковного зодчества: килевидными кокошниками, наличниками с колонками. Интерьер храма включает одноярусный иконостас, выполненный в традициях северной школы иконописи.
В настоящее время храм является действующим и входит в состав возрожденного Важеозерского монастыря. Богослужения совершаются согласно монастырскому уставу. Храм сохраняет историческую связь с основными этапами развития монастырского комплекса, начиная с дореволюционного периода и заканчивая современным этапом возрождения обители.
