Храм Всех Святых входит в комплекс Важеозерского Спасо-Преображенского мужского монастыря, основанного в начале XVI века. Обитель была учреждена учениками преподобного Александра Свирского — преподобными Геннадием и Никифором. Первый деревянный храм в честь Преображения Господня возведен в 1520 году. Монастырь получил жалованную грамоту от царя Иоанна IV Грозного, регламентирующую землепользование и запрещающую использование наемного труда.
В Смутное время монастырь подвергся разорению шведскими войсками. Игумен Дорофей и часть братии были убиты. После этого обитель пребывала в упадке до середины XVII века. В 1640 году при игумене Антонии началось восстановление, но материальное положение оставалось тяжелым. К концу XVII века монастырское хозяйство укрепилось, о чем свидетельствуют описи имущества 1680 и 1685 годов.
В XVIII веке монастырь пережил несколько административных реорганизаций. В 1723 году он был приписан к Сяндемской пустыни, а в 1764 году полностью упразднен с преобразованием храма в приходской. В 1800 году обитель временно восстановлена как приписная к Александро-Свирскому монастырю.
Каменный храм Всех Святых построен в 1854-1858 годах на месте деревянной часовни над мощами основателей монастыря. Храм освящен 7 августа 1858 года. Здание выполнено в форме продолговатого шатра с пятью главами, вмещало до 300 человек. В 1885 году пожар уничтожил большинство монастырских построек, кроме каменных стен этого храма.
После революции 1917 года монастырь закрыт, в его зданиях размещались различные учреждения, включая психиатрическую больницу. Храм Всех Святых использовался как клуб. Монашеская жизнь возобновилась в 1991 году, сначала в статусе женской обители, с 2000 года — как мужской монастырь. Храм Всех Святых восстановлен в 1990-х годах.
