Деревня Коткозеро, название которой переводится как "Орлиное озеро", впервые упоминается в писцовых книгах Обонежской пятины середины XVI века.В начале XVIII века, в 1704 году, в деревне была построена первая деревянная церковь во имя святых апостолов Петра и Павла.В 1778 году рядом с ней была возведена вторая церковь — во имя Рождества Христова.Эти храмы служили духовными центрами для местного населения, большинство которого составляли карелы.
В 1933 году, в период антирелигиозной политики Советского Союза, постановлением Карельского ЦИК Петропавловская и Рождественская церкви в Коткозере были закрыты. Впоследствии они были полностью разрушены, точные даты утраты не установлены. В 1997 году, по инициативе местных жителей, в деревне был построен новый деревянный храм во имя святых апостолов Петра и Павла. Он был возведен в честь старинного храма, ранее существовавшего на этом месте. Современный приход был зарегистрирован 7 февраля 2003 года. Новый храм расположен на кладбище деревни Коткозеро и является действующим, богослужения совершаются регулярно.