Село Яковлевское впервые упоминается в исторических источниках около 1463–1464 годов, когда Михаил Фёдорович Сабуров (в иночестве Мисаил) передал «сельцо Якольское» с прилегающими деревнями в дар Ипатьевскому монастырю для поминовения душ своих родителей и своей собственной. Село оставалось во владении монастыря до 1764 года. К 1460-м годам в селе уже существовала церковь, посвящённая святому апостолу Иакову, брату Господню, от которой и произошло название села.
В конце XVII века, по инициативе архимандрита Ипатьевского монастыря Паисия, рядом с существующим Яковоапостольским храмом была построена деревянная одноглавая церковь во имя святого пророка Илии. К середине XVIII века обе деревянные церкви обветшали, что побудило жителей села принять решение о строительстве нового каменного храма.
Строительство каменного храма началось в 1760-х годах и завершилось в 1768 году. Новый пятиглавый храм был освящён с двумя престолами: главным — в честь пророка Божия Илии и придельным — в честь апостола Иакова. В 1780-х годах к храму была пристроена изящная колокольня, спроектированная известным костромским зодчим-самоучкой Степаном Андреевичем Воротиловым. Колокольня выполнена в стиле елизаветинского барокко и гармонично сочетается с основным зданием храма, несмотря на стилистические различия.
Архитектурно храм представляет собой сочетание традиций древнерусского зодчества и элементов барокко. Основное здание храма выполнено в строгих линиях, напоминающих древние храмы, такие как церковь святых Бориса и Глеба в Кидекше и ростовский храм Толгской иконы Божией Матери. Пол храма вымощен узорчатыми плитами. Колокольня, напротив, отличается пышностью и лёгкостью, характерными для елизаветинского барокко.
Внутреннее убранство храма включает настенную роспись, выполненную в стиле «дней Александровых», содержащую более ста разнообразных сюжетов. Эти росписи, созданные в период царствования Александра I, отражают духовный подъём русского народа после победы над Наполеоном и освобождения Европы.
В 1944 году, после кончины настоятеля храма Александра Островского, богослужения в церкви прекратились. Власти не допускали назначения нового священника, несмотря на ходатайства общины. Здание храма использовалось для хозяйственных нужд, включая размещение склада колхоза «Новый путь». В этот период церковная утварь и иконы были частично вывезены в Кострому, частично — в Покровский храм в Шунге.
В 1990 году полуразрушенный храм был возвращён Русской Православной Церкви. Богослужения возобновились в 1992 году. 17 августа 1996 года был освящён тёплый придел в честь святого апостола Иакова, где с тех пор регулярно совершаются службы.
