Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь основан в 1330 году татарским мурзой Четом, принявшим крещение с именем Захария. Согласно преданию, во время остановки на пути в Москву ему явились Пресвятая Богородица, апостол Филипп и священномученик Ипатий Гангрский, после чего он исцелился от недуга. В благодарность на этом месте была основана обитель. Альтернативные версии относят основание монастыря к середине XIII века, связывая его с новгородцами или князем Василием Ярославичем, братом Александра Невского.
Первоначальные постройки монастыря были деревянными, включая храм Живоначальной Троицы. В XIV-XV веках обитель оставалась небольшой. С возвышением рода Годуновых, потомков Захарии-Чета, началось каменное строительство. В 1560 году на месте деревянного храма возведен пятиглавый Троицкий собор с приделами апостола Филиппа и священномученика Ипатия. В 1586 году по указу царя Федора Иоанновича построены каменные стены протяженностью 518 метров с шестью башнями, превратившие монастырь в крепость.
В Смутное время монастырь находился под контролем сторонников Лжедмитрия II. В 1613 году в Троицком соборе был призван на царство Михаил Романов, что положило конец Смуте. При Романовых монастырь расширился: в середине XVII века к нему присоединен Новый город, увеличена территория. В 1650-1652 годах восстановлен Троицкий собор, разрушенный взрывом пороха в 1649 году. Его росписи выполнены артелью Гурия Никитина.
В XVIII веке монастырь стал резиденцией костромского архиерея, а Троицкий собор — кафедральным. В 1747 году открыта духовная семинария. В XIX веке проведена масштабная реставрация под руководством архитектора Константина Тона. После 1917 года монастырь был закрыт, часть построек разрушена. В 1958 году организован историко-архитектурный музей-заповедник. Монашеская жизнь возобновлена в 1992 году.
Архитектурный ансамбль включает Троицкий собор, звонницу (1603-1605), надвратный храм мучеников Хрисанфа и Дарии, Архиерейский корпус XVIII века, Палаты бояр Романовых XVI века. На территории сохранились усыпальницы рода Годуновых. В монастыре хранятся Ипатьевская летопись (до XVIII века), чудотворная Тихвинская икона Божией Матери, частица Ризы Господней и мощи священномученика Ипатия.
