Храм Спаса Нерукотворного Образа на Запрудне в Костроме основан в XIII веке как часть Спасо-Запрудненского монастыря. Согласно преданию, монастырь учрежден князем Василием Ярославичем (1241–1277) на месте явления Феодоровской иконы Божией Матери. Первоначальные постройки были деревянными. Каменный двухэтажный храм возведен в 1754 году на средства костромских купцов Дурыгиных.
В 1758 году в монастырь переведена Костромская духовная семинария, занявшая нижний этаж храма. После пожара 1813 года семинария переехала в город. В 1764 году монастырь упразднен, храм стал приходским. Кладбище при церкви стало местом погребения костромского купечества и промышленников: Дурыгиных, Солодовниковых, Зотовых, Кашиных.
В XIX веке храм перестраивался: в 1806 году пристроены трапезная и колокольня, в 1838 и 1855 годах добавлены приделы в нижнем этаже. В 1864 году верхний храм реконструирован в теплый с двумя приделами. Главной святыней является икона Спаса Нерукотворного, почитаемая с XIII века. В 1853 году с ней совершались крестные ходы для прекращения холерной эпидемии.
В советский период храм не закрывался, хотя в 1941 году вышло постановление о его ликвидации, не исполненное из-за войны. Богослужения возобновились в 1942 году. В 1950-е годы духовенство храма подвергалось преследованиям. Сохранились захоронения XIX – начала XX веков, включая могилу блаженной Дарьюшки.
