Основание семинарии относится к 1747 году, когда епископ Костромский Сильвестр (Кулябка) учредил церковническую школу при Ипатьевском монастыре. Целью создания учебного заведения было образование духовенства Костромской епархии. В учебную программу входили богословские дисциплины, изучение латинского, греческого и других языков, а также светские науки. Со временем при семинарии была создана фундаментальная библиотека, считавшаяся одной из богатейших в регионе.
В 1813 году, после пожара на Запрудне, семинария была переведена в помещения Богоявленского монастыря в центре Костромы. Здесь она занимала несколько корпусов, включая Трапезный корпус с церковью Иоанна Богослова. В 1847 году, в результате крупного пожара, значительная часть монастырских зданий, включая помещения семинарии, была уничтожена. После этого семинария временно размещалась в соборных домах возле кафедрального собора Костромы.
В конце XIX века при семинарии действовала образцовая церковно-приходская школа, а её хор считался одним из лучших в епархии. Семинария была центром епархиальной жизни: здесь проходили епархиальные съезды духовенства и собрания церковно-исторического общества.
В июле 1918 года, в условиях антирелигиозной политики советской власти, Костромская духовная семинария была закрыта. Её здания были переданы в ведение жилищного отдела горсовета, а персонал уволен. Многие преподаватели и выпускники семинарии в последующие годы стали жертвами репрессий.
Возрождение духовного образования в Костроме началось в период перестройки. В 1990 году было открыто Костромское духовное училище, которое в 1996 году решением Священного Синода Русской Православной Церкви было преобразовано в семинарию. С тех пор Костромская духовная семинария продолжает свою деятельность, готовя священнослужителей и церковных специалистов.
Архитектурный комплекс семинарии включает в себя здания, представляющие историческую и культурную ценность. Среди них — церковь Смоленской иконы Божией Матери, перестроенная в 1824–1827 годах из крепостной башни Богоявленского монастыря. Храм выполнен в стиле классицизма и является памятником культового костромского зодчества XIX века.
