Первое упоминание о Спасской церкви относится к 1628 году, когда в писцовой книге Костромы зафиксировано пустующее место на торгу, где ранее находилась деревянная церковь во имя Всемилостивого Спаса Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня. В 1766 году, по инициативе и на средства купца Стефана Семёновича Белова, была возведена новая каменная церковь в традициях допетровского зодчества. Храм представляет собой бесстолпное одноапсидное сооружение, увенчанное пятью главами. В 1803–1808 годах к церкви был пристроен тёплый придел в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1787 году, в соответствии с генеральным планом 1781 года, городским магистратом было принято решение о строительстве Гостиного двора, известного как Красные ряды. В результате этого строительства церковь оказалась внутри торговых рядов. Старая колокольня была разобрана, и в 1791–1792 годах архитектором Степаном Андреевичем Воротиловым над воротами со стороны Волги была возведена новая колокольня в стиле позднего барокко.
В начале XX века причт храма состоял из священника и псаломщика. Среди особо почитаемых святынь находились икона Происхождения Честных Древ Животворящего Креста Господня, украшенная золотом, серебром, жемчугом и драгоценными камнями, а также образ святых мучеников и исповедников Гурия, Самона и Авива.
В 1929 году храм был закрыт, и в его помещении разместился антирелигиозный музей. В конце 1930-х годов колокольня и главы церкви были разобраны, а здание использовалось как складское помещение. В 1974–1976 годах под руководством архитекторов Л. С. Васильева и В. С. Шапошникова были воссозданы колокольня и главы храма, однако без крестов. В 1992 году на главы и колокольню установили кресты. С 1986 по 2007 год в здании храма располагался выставочный зал историко-архитектурного музея-заповедника. В 2007 году церковь была передана Костромской епархии Русской Православной Церкви и возобновила свою деятельность как действующий храм.
