Водосвятная часовня при Раифском Богородицком монастыре была построена приблизительно в 2000 году на западной стороне прихрамовой площади обители. Часовня возведена над артезианским источником, подведенным из скважин. В сентябре 1997 года состоялось освящение часовни и источника, которое совершил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
Раифский Богородицкий монастырь, на территории которого находится часовня, ведет свою историю с 1613 года, когда инок Филарет основал здесь скит. В 1661 году скит получил статус монастыря по благословению митрополита Казанского и Свияжского Лаврентия. Название обитель получила в память о монахах, погибших от рук язычников в Раифе у Красного моря.
В XVII-XVIII веках монастырский ансамбль приобрел каменный облик. Были построены стены с башнями, церковь в честь Преподобных отцев, в Синае и Раифе избиенных (1708 г.), Софийская церковь (1739-1827 гг.), собор Грузинской иконы Божией Матери (1835-1842 гг.). Главной святыней монастыря стал список Грузинской иконы Божией Матери, привезенный в 1668 году.
В 1918 году монастырь был закрыт советской властью. В 1930 году последние насельники обители были расстреляны. На территории размещались тюрьма для политзаключенных, затем колония для несовершеннолетних. Храмы использовались как мастерские.
Возрождение монастыря началось в 1991 году, когда обитель была возвращена Русской Православной Церкви. К этому времени комплекс находился в состоянии разрушения. В 1990-е годы проводились масштабные восстановительные работы. 23 июня 1991 года в монастырь вернулась Грузинская икона Божией Матери.
Водосвятная часовня является частью современной инфраструктуры монастыря, которая включает также гостиницу для паломников, приют для мальчиков, издательский отдел. Часовня действует ежедневно, предоставляя доступ к освященной воде для паломников и посетителей обители.