Храм во имя святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии в Раифском Богородицком монастыре был первоначально освящен как церковь Алексия, человека Божия. Он был построен в конце XVII века совместно с братским корпусом. Здание представляло собой миниатюрный одноглавый четверик с апсидальными выступами с востока и запада, выполненный в традициях русского храмового зодчества того периода.
В 1794 году, после прихода строений в ветхость, храм и корпус были возобновлены на средства полковницы Н.И. Киселевой. При этом произошло переосвящение храма - теперь он стал именоваться в честь святых мучениц Веры, Надежды, Любови и их матери Софии. Исторические источники указывают, что это было связано с желанием благотворительницы почтить память этих святых.
В советский период, после закрытия монастыря в 1918 году, храм, как и другие постройки обители, использовался не по назначению. В помещениях монастыря располагалась тюрьма, затем колония для несовершеннолетних. Это привело к значительному разрушению и утрате первоначального убранства храма.
В 1992-1994 годах храм был восстановлен в ходе возрождения Раифского монастыря. Архитектурные решения при восстановлении ориентировались на сохранившиеся исторические описания и аналогичные постройки конца XVII - начала XVIII веков. В настоящее время храм сохраняет статус одного из самых миниатюрных по внутренней площади православных храмов в России.
Богослужебная жизнь в храме имеет особый устав. Согласно исторически сложившейся традиции, регулярные службы совершаются только для монашеской братии монастыря. Ежегодное праздничное богослужение в день памяти святых мучениц (30 сентября по новому стилю) является единственным исключением, когда в храме могут присутствовать паломники.