Раифский Богородицкий мужской монастырь был основан в 1613 году иеромонахом Филаретом, прибывшим из Москвы после Смутного времени. Первоначально на берегу Сумского (Раифского) озера им была устроена уединенная келья. Место это издревле почиталось местными черемисами (марийцами) как священное для совершения языческих обрядов. Со временем вокруг отшельника собралась братия, образовавшая монашеский скит.
В 1659 году Филарет скончался, а в 1661 году митрополит Казанский Лаврентий благословил учреждение монастыря. Обитель получила название в память о древней Раифской пустыни у Красного моря, где в IV веке приняли мученическую смерть от рук язычников христианские монахи. Главный храм был освящен в честь Преподобных отцов, в Синае и Раифе избиенных.
В 1668 году в монастырь была доставлена копия Грузинской иконы Божией Матери - список с чудотворного образа из Красногорского монастыря Архангельской губернии. Этот образ стал главной святыней обители. Первые строения монастыря были деревянными и полностью уничтожены пожаром в 1689 году.
Каменный ансамбль начал формироваться на рубеже XVII-XVIII веков. В 1690-1717 годах возведены крепостные стены с башнями. В 1708 году построена каменная церковь в честь Преподобных отцов. В 1739-1827 годах сооружена Софийская церковь - одна из самых маленьких в Европе, вмещающая не более семи человек. В 1835-1842 годах по проекту архитектора М.П. Коринфского возведен Грузинский собор в стиле классицизма.
В 1889-1903 годах на средства казанского купца М.Т. Атлашкина построена 60-метровая колокольня с надвратной церковью Архангела Михаила. В 1904-1910 годах завершилось формирование ансамбля строительством Троицкого собора в русском стиле по проекту архитектора Ф.Н. Малиновского. Накануне революции 1917 года в монастыре проживало около 80 насельников.
В 1918 году обитель была закрыта, в 1930-х годах здесь размещалась тюрьма для политических заключенных, затем колония для несовершеннолетних. В 1991 году монастырь возвращен Русской Православной Церкви. Началось восстановление архитектурного комплекса и монашеской жизни. В 1997 году состоялась канонизация шести Раифских новомучеников, расстрелянных в 1930 году.