Первое упоминание о церкви вблизи современного Новощапово относится к XVI веку. Тогда храм находился в селе Опалево, названном по фамилии владельцев — Опалевых. В историческом документе 1550 года упоминается Никита Семёнович Опалев. Село Опалево располагалось недалеко от пустоши Щапово Меньшое и возникшего позднее села Ново-Щапово. Вероятно, Опалево, расположенное на дороге Клин – Дмитров, было разорено польско-литовскими отрядами, как и многие другие сёла на этой дороге, и церковь была уничтожена. В документах 1624 года Опалево уже именуется пустошью.
В 1646 году в документах упоминается деревня Щапово, ранее бывшая селом Опалево. В 1678 году сельцо Щапово с деревнями принадлежало Тверскому Иверскому монастырю, где находился монастырский двор. В 1685 году сообщается о вновь построенной церкви: «В Клинском уезде… за Иверским монастырем село, что бывала пустошь Меньшое Щапово на Сомове Броду и на речке Лютенке, а в нем церковь вновь построена Живоначальныя Троицы, да в приделе Николая Чудотворца, а у той церкви поп Семион Игнатьев».
В 1715 году в селе Щапово значится деревянная церковь во имя Живоначальной Троицы. В 1756 году, стараниями прихожан, было построено новое деревянное здание церкви. В 1787 году возведена новая колокольня деревянного храма. Клировые ведомости 1827 года сообщают, что церковь «зданием деревянная, стоит в твердости, покрыта железом. Двухпрестольная: настоящая — во имя Святой Троицы, да в приделе святителя и чудотворца Николая — холодная. Утварью церковною довольна».
С 1805 по 1854 годы настоятелем Троицкой церкви был священник Феодор Наумов. В 1832 году началось строительство каменного храма на средства прихожан. Строительство продолжалось до 1836 года. Новый храм был освящён в честь Живоначальной Троицы.
Архитектурно храм сочетает в себе элементы классицизма и псевдоготики. В центре находится массивный двусветный, некогда пятиглавый четверик бесстолпного храма, перекрытый глухим сомкнутым сводом. Бесстолпная структура позволяла создать просторное внутреннее пространство. С востока к четверику примыкает полукруглая апсида, с запада — трапезная, соединённая с трёхъярусной колокольней. Фасады четверика украшены пилястрами и завершены антаблементом с сухариками. Окна оформлены стрельчатыми архивольтами. Колокольня имеет арочные проёмы и увенчана шпилем, что придаёт ей вертикальную устремлённость.
В советский период храм был закрыт и использовался для хозяйственных нужд, что привело к утрате многих архитектурных элементов и внутреннего убранства. В настоящее время здание храма находится в неудовлетворительном состоянии, требующем реставрации.
