Городок Клин-9 был основан на рубеже 1950-х — начала 1960-х годов как часть системы противовоздушной обороны Москвы, известной как С-25 «Беркут». Он располагался на юго-восточной окраине города Клин, в окружении лесов, и застраивался типовыми четырёх- и пятиэтажными домами для размещения военнослужащих и их семей.
В 1996 году была зарегистрирована православная община Преображенской церкви села Борозда Клинского района. Поскольку основной храм находился в разрушенном состоянии, для проведения богослужений была устроена приписная церковь в приспособленном помещении. Священник Игорь Ковалёв, в прошлом лётчик-штурман, наладил сотрудничество с командованием двух воинских частей, дислоцировавшихся в городке, и начал пастырскую работу среди военнослужащих.
4 марта 2003 года состоялась закладка нового деревянного храма в честь преподобномученика Серафима Клинского (Вавилова), первого прославленного новомученика Клинской земли. Строительство велось сообща: военнослужащие, благотворители и прихожане активно участвовали в возведении храма. 20 ноября 2006 года община получила официальную регистрацию, а 16 августа 2009 года архиепископ Можайский Григорий освятил храм.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание, построенное по типовому проекту. Внутри храма находятся иконы святого благоверного князя Романа Угличского с частицей мощей, а также частицы мощей святого преподобномученика Феодора (Ушакова), преподобного Феодора Санаксарского и новомучениц Суворовских — Евдокии, Дарии и Марии.