В 1703 году в Тобольске по указу Петра I была открыта славяно-русская школа, положившая начало систематическому духовному образованию в регионе. В 1743 году, благодаря инициативе митрополита Антония (Нарожицкого), эта школа была преобразована в Тобольскую духовную семинарию. Семинария располагалась в архиерейском доме, а с 1770 года — в здании Знаменского монастыря.
Структура семинарии включала несколько классов: фары, инфимы, грамматики, синтаксиса, пиитику, риторику, философию и богословие. С 1764 года семинария предлагала полный восьмиклассный курс, соответствующий образовательным стандартам того времени. В 1840 году была проведена реформа духовных учебных заведений, направленная на улучшение качества образования.
После революции 1917 года и в период гражданской войны семинария прекратила свою деятельность. Последний выпуск состоялся весной 1919 года, после чего учебное заведение было закрыто.
В 1989 году, по инициативе Русской Православной Церкви, Тобольская духовная семинария была возрождена. В 1991 году при семинарии было открыто Регентское отделение, а в 1996 году — Иконописная школа. В 2014 году была учреждена магистратура по направлениям «Церковная история» и «Миссиология».
28 декабря 2018 года Священный Синод Русской Православной Церкви приостановил набор студентов на магистерские программы из-за недостатков в обеспечении учебного процесса. Однако 13 июня 2024 года семинария прошла процедуру государственной аккредитации по направлению «Теология» (бакалавриат), что позволило возобновить подготовку специалистов в области теологии.
Архитектурный облик семинарии представляет собой гармоничное сочетание традиций русской архитектуры и функциональности образовательного учреждения. Здание, расположенное по улице Семёна Ремезова, 2А, является историческим памятником и активно используется для образовательных целей.
