Церковь Воскресения Христова, известная также как храм Захарии и Елисаветы, была основана в Тобольске в середине XVIII века. Первая деревянная церковь на этом месте была построена в 1753 году по инициативе митрополита Сильвестра (Гловатского) на земле, приобретенной крестьянином Михаилом Мухиным. Деревянный храм сгорел в 1757 году во время пожара, уничтожившего значительную часть татарской слободы.
Каменный двухэтажный храм был заложен в 1759 году по проекту, присланному из Санкт-Петербурга и относившемуся к школе В. Растрелли. Строительные работы продолжались до 1776 года под руководством тобольского мастера Андрея Городничева. Храм был освящен в честь Воскресения Христова, с приделами во имя праведных Захарии и Елисаветы, святителя Димитрия Ростовского, Вознесения Господня, Происхождения честных древ Животворящего Креста и икон Божией Матери Тихвинской и «Всех скорбящих Радость».
Архитектура храма представляет собой яркий пример сибирского барокко. Здание состоит из крупного четверика с пятигранной апсидой, двух приделов с полукруглыми апсидами и двухэтажного притвора с палатами. Особенностью архитектуры являются срезанные верхние углы четверика, украшенные картушами с круглыми люнетами, что создает плавный переход к сложному купольному завершению.
В XIX веке храм был известен чудотворной иконой Божией Матери «Всех скорбящих Радость», в честь которой в 1819 году было установлено особое празднование 24 октября по инициативе прихожанина Ивана Пиленкова. В 1828-1832 годах в храме отбывал церковное покаяние композитор А.А. Алябьев, сосланный в Тобольск.
В советский период, с 1930 года, храм был закрыт для богослужений. В его помещениях размещались мастерские артели инвалидов, затем Тобольский горкомхоз, жилые помещения и мебельный цех. Здание значительно пострадало: были утрачены иконостасы, церковная утварь, разрушены некоторые архитектурные элементы.
В середине 1990-х годов храм был возвращен Тобольско-Тюменской епархии. Реставрационные работы продолжались несколько лет, и в 2017 году храм был вновь освящен. В настоящее время в храме регулярно совершаются богослужения.