В конце XIX века, в период активного развития железнодорожной сети Российской империи, возникла необходимость в создании образовательных учреждений для детей служащих железной дороги. В 1896 году, по инициативе и на средства служащих Рязано-Уральской железной дороги, было начато строительство каменной церкви-школы для детей железнодорожников станции Саратов-II. Проект здания разработал архитектор Петр Митрофанович Зыбин. Строительство завершилось в 1897 году, и 25 июля 1898 года храм был освящен во имя святителя Николая Чудотворца. Здание сочетало в себе функции храма и учебного заведения, при нем действовали мужское и женское двухклассные училища, а также техническое железнодорожное училище.
Архитектурно здание представляет собой каменное сооружение с железобетонным монолитным куполом, что было новаторским решением для того времени. Внешний облик храма включал традиционные элементы православной архитектуры, такие как купол и звонница. Внутреннее пространство было адаптировано для проведения богослужений и образовательных занятий.
В 1923 году, после национализации Рязано-Уральской железной дороги, храм был закрыт, а здание использовалось для различных образовательных целей, включая размещение ремесленного училища и общежития. В этот период были демонтированы кресты с купола и звонницы, а также маковка с купола храмовой части. Однако благодаря прочности конструкции основные архитектурные элементы здания сохранились.
В 1991 году была зарегистрирована община храма во имя святителя Николая, и начался процесс возвращения здания Русской Православной Церкви. 5 августа 1993 года храмовая часть была официально передана Саратовской епархии, и 24 апреля 1994 года состоялось первое богослужение после длительного перерыва. 25 декабря 1997 года постановлением Священного Синода приход был преобразован в Свято-Никольский мужской монастырь.
В последующие годы проводились реставрационные работы, направленные на восстановление первоначального облика здания и его адаптацию под монастырские нужды. 14 ноября 2012 года состоялось Великое освящение храма после завершения капитальной реставрации. В 2015 году начались работы по росписи стен храма.
В настоящее время Свято-Никольский мужской монастырь является действующим монастырем Саратовской епархии. При монастыре функционируют иконописная и столярная мастерские, воскресная школа для детей и взрослых, а также детский хор. Монастырь осуществляет социальное служение, включая помощь многодетным семьям и духовное окормление пациентов Областной туберкулезной больницы.
