Храм во имя святого великомученика и целителя Пантелеимона в Саратове был учрежден по инициативе главного врача 1-й городской клинической больницы в феврале 1997 года. Обращение к архиепископу Саратовскому и Вольскому Александру (Тимофееву) получило благословение на строительство храма. Под храм было выделено здание 1914 года постройки, ранее занимаемое управлением больницы, профкомом и библиотекой.
В период с 1999 по 2000 год проведены реконструкционные работы: уложен мраморный пол, выполнена обивка стен, укреплен фундамент, устроен притвор. В интерьере установлен иконостас и выполнена настенная роспись. 18 февраля 2001 года протоиереем Василием Антиповым совершены чин положения антиминса и первая Божественная литургия.
25 марта 2017 года состоялось освящение креста и купола храма, после чего купол был установлен. В храме находится икона преподобного Агапита Печерского с частицей мощей. Богослужения совершаются в субботние, воскресные дни и великие праздники.
Храм выполняет церковно-социальное служение: духовное окормление пациентов больницы. С апреля 2013 года при больнице действует пост общества сестер милосердия, осуществляющих уход за тяжелобольными.