Храм святой равноапостольной Марии Магдалины в Саратове был основан как домовая церковь Мариинского института благородных девиц. Институт учрежден по решению Саратовского дворянства в 1839 году, открыт 10 октября 1854 года во временном помещении в доме А.Н. Челюсткиной на Малой Сергиевской улице. Первая домовая церковь освящена 10 апреля 1855 года епископом Саратовским и Царицынским Афанасием.
23 сентября 1857 года институт переведен в специально построенное трехэтажное здание на 2-й Садовой улице. На третьем этаже нового здания 24 сентября 1857 года освящена домовая церковь во имя святой равноапостольной Марии Магдалины. Чин освящения совершил епископ Саратовский и Царицынский Иоанникий. Храм создан в честь небесной покровительницы великой княгини Марии Николаевны, принявшей институт под свое покровительство.
В 1896-1897 годах к институтскому корпусу по проекту архитектора А.М. Салько пристроено двухэтажное здание, куда перенесена домовая церковь. Новый храм освящен 28 сентября 1897 года епископом Саратовским и Царицынским Николаем. Иконостас выполнен мастером И.П. Кузьминым, паркетные работы осуществлены В.Я. Смолевым. Богослужения совершались в воскресные, праздничные и табельные дни учебного периода.
После закрытия Мариинского института в 1917 году храм преобразован в приходской. В 1918 году церковь закрыта, помещение переоборудовано под клуб имени Карла Либкнехта. В советский период здание использовалось как театральный зал, сцена располагалась на месте алтаря. В 1990-х годах в части помещений находился ночной клуб «Карамболь».
В 1995 году Саратовская епархия начала процесс возвращения здания. Официальная передача храма состоялась в 2004 году. Первое богослужение совершено 27 февраля 2005 года. 27 ноября 2022 года митрополит Саратовский и Вольский совершил великое освящение восстановленного храма.
