В 1854 году в Саратове был основан Мариинский институт благородных девиц, предназначенный для образования и воспитания девушек из дворянских семей. Первоначально институт располагался во временном здании, однако уже в 1857 году было завершено строительство нового каменного корпуса на 2-й Садовой улице. В этом здании на третьем этаже была устроена домовая церковь во имя святой Марии Магдалины, освящённая 24 сентября 1857 года епископом Саратовским Иоанникием (Горским) .
С увеличением числа воспитанниц возникла необходимость в расширении храмового пространства. В 1896 году по проекту архитектора А. М. Салько была возведена двухэтажная пристройка к главному корпусу института, где на втором этаже разместился новый, более просторный храм. Освящение новой церкви состоялось 28 сентября 1897 года епископом Саратовским и Царицынским Николаем (Налимовым) . Иконостас храма был выполнен мастером Игнатием Парфеновичем Кузьминым, а многие иконы были подарены выпускницами института.
Богослужения в храме проводились в воскресные, праздничные и табельные дни, за исключением летних каникул. Воспитанницы института активно участвовали в церковной жизни, составляя хоровые коллективы и изучая Закон Божий под руководством настоятеля храма, который одновременно исполнял обязанности преподавателя .
После Октябрьской революции 1917 года институт был закрыт, а его помещения переданы различным культурным и образовательным учреждениям. Храм был закрыт и переоборудован: в нём размещались рабочий клуб, концертный зал, а позднее — ночной клуб и театр хоровой музыки .
В 2004 году здание бывшего храма было передано Саратовской епархии. С этого времени начались работы по восстановлению храма. Уже в феврале 2005 года в помещении был совершён первый молебен, а в августе того же года — первая Божественная литургия. В последующие годы проводились реставрационные работы: были восстановлены оконные проёмы, демонтированы внутренние перегородки, восстановлен иконостас и внутреннее убранство храма .
