Основан в 1192 году преподобным Варлаамом Хутынским, он сыграл значительную роль в духовной и культурной жизни Новгородской земли.
Преподобный Варлаам (в миру Алексей Михайлович) уединился для молитвы на месте, известном как «Хутынь», что в переводе означает «худое место». Согласно преданию, это место находилось во власти нечистой силы. В 1192 году Варлаам построил деревянную церковь во имя Преображения Господня, которая была освящена архиепископом Григорием. Позднее на этом месте был возведён каменный храм.
В 1515 году был построен новый Спасо-Преображенский собор, который сохранился до наших дней. Собор представляет собой четырёхстолпный пятиглавый храм с тремя апсидами. Архитектура собора сочетает элементы новгородской и московской архитектурных школ, что отражает политические и культурные изменения того времени.
В 1471 году великий князь Иван III посетил монастырь и пожелал увидеть мощи преподобного Варлаама. Согласно летописи, при попытке вскрытия могилы из земли вырвался огненный столб, что было воспринято как знамение, и князь покинул монастырь.
В 1611 году, во время Смутного времени, монастырь был занят шведскими войсками и использовался как резиденция командования. В последующие годы монастырь восстанавливался и продолжал функционировать. С середины XVIII века настоятелями монастыря были викарии Новгородской епархии.
В Спасо-Преображенском соборе монастыря захоронены мощи преподобного Варлаама Хутынского. Также здесь покоится прах русского поэта Гавриила Романовича Державина и его супруги Дарьи Алексеевны. Державин скончался в 1816 году в своём имении «Званка», и его тело было доставлено в монастырь по реке Волхов. Во время Великой Отечественной войны могила поэта была повреждена, и в 1959 году его останки были перенесены в Новгородский кремль. В 1993 году, к 250-летию со дня рождения поэта, его останки были возвращены в монастырь.
В 1925 году монастырь был закрыт, но богослужения в соборе продолжались до 1932 года. Во время Великой Отечественной войны монастырь был разрушен и более 40 лет находился в руинах. В 1994 году монастырь был возрождён как женский и передан Русской Православной Церкви. С тех пор ведутся восстановительные работы.
Архитектурный ансамбль монастыря включает Спасо-Преображенский собор, церковь преподобного Варлаама Хутынского, надвратную колокольню, построенную между 1767 и 1774 годами, сестринский корпус и другие здания. Архитектура монастыря отражает развитие русской церковной архитектуры с XII по XIX века.
