Строительство храма было осуществлено в период с 1533 по 1537 год по указу архиепископа Макария, который ввёл в новгородских монастырях общежительный устав.
Архитектурно храм представляет собой кубическое двухъярусное здание, увенчанное одной главой на глухом барабане. Фасады разделены вертикальными лопатками на три прясла, соединённые в верхней части арками с килевидным завершением. В кладку стен вмонтированы девять древних крестов. Барабан украшен сдвоенными арками с килевидным подвышением. С западной стороны к храму примыкает двухэтажная трапезная палата.
В 1670-х, 1760-х и 1830-х годах храм подвергался перестройкам. В 1901 году, после пожара, здание было отремонтировано, а в 1902—1904 годах к северному фасаду пристроен придел в честь святого Тихона Задонского.
В советский период, в 1960 году, здание храма было отреставрировано и приспособлено под спортивный зал для студентов Новгородского педагогического института.
В 2012 году придел Тихона Задонского был заново освящён, а с 2013 года храм вновь действует как религиозное учреждение.
