Он расположен в северо-западной части Плотницкого конца Торговой стороны, на правом берегу реки Волхов.
Первое упоминание о каменном одноглавом храме на этом месте относится к 1377 году. В течение последующих столетий церковь неоднократно подвергалась пожарам. После пожара 1521 года здание пришло в ветхость и было разобрано. В 1536 году, по инициативе жителей Запольской и Конюховской улиц, при участии новгородских и московских гостей, началось строительство нового каменного пятиглавого храма с приделами святителя Николая Чудотворца и святого великого князя Владимира. Строительство было завершено за пять месяцев, и в 1537 году церковь была освящена.
Архитектурный облик храма сочетает элементы новгородского зодчества XIV века и новые веяния XVI века. Пятиглавие храма, завершения фасадных членений декоративными килевидными арочками, щипцовое покрытие каждого членения, а также поясок из пятиугольных плоских двухуступчатых нишек на барабанах и апсиде свидетельствуют о развитии архитектурных традиций того времени. Церковь сложена из кирпича, что также характерно для новгородских построек XVI века.
В апреле 1937 года храм был закрыт. Во время Великой Отечественной войны здание получило сравнительно небольшие повреждения. К 1955 году, по проекту архитектора З. И. Васильевой, церковь была реставрирована. В это время ещё сохранялась в хорошем состоянии кирпичная часть церковной колокольни (два яруса без шатра). В 1960-е годы началась активная застройка берега Волхова от церкви Бориса и Глеба до моста Александра Невского. Колокольня, как посчитали, не вписывалась в облик новой набережной и была разобрана. В дальнейшем церковь стала использоваться под склад. В 1980-х — начале 1990-х годов архитектором В. А. Поповым было проведено повторное исследование памятника, а затем ещё одна реставрация. Реставрационные работы на церкви Бориса и Глеба закончились в 1991 году. С 1992 года церковь действующая — передана Новгородской епархии.
