Первое упоминание о храме апостола Филиппа в Великом Новгороде относится к 1194 году, когда после масштабного пожара был сооружён деревянный храм на Нутной улице. В 1299 году церковь сгорела и была восстановлена в том же году. Третья деревянная постройка возведена в 1347 году после очередного пожара.
Каменный храм апостола Филиппа заложен в 1383 году при архиепископе Алексии и освящён в 1384 году. Основателями выступили Родислав Данилович, Устин, Филипп и Александр. В том же году появился Никольский придел, обслуживавший жителей соседней Бардовой улицы.
В 1527-1528 годах проведена масштабная перестройка: на старом основании возведён новый храм апостола Филиппа, а вместо небольшого Никольского придела сооружена полноценная двухэтажная церковь Николая Чудотворца, равная по высоте основному храму. Обе церкви имели общее подцерковье (нижний этаж) и хоры, но разделялись глухой стеной на втором этаже.
В 1608 году, после эпидемии чумы 1606-1607 годов, два прихода объединились в один. В XVII веке Никольская церковь стала трёхэтажной после продления полатей над всем храмом. В 1653 году установлены новые колокола. В XVIII веке деревянные паперть и колокольня заменены каменными (1735 год).
В 1898-1899 годах обветшавшая Никольская церковь была разобрана, сохранилась лишь западная стена. В 1962 году храм апостола Филиппа стал единственным действующим храмом Великого Новгорода после закрытия Николо-Дворищенского собора. В 1969-1970 годах проведены исследования памятника, обнаружены остатки стен Никольской церкви.
В 1977-1979 годах по проекту архитектора-реставратора Н.Н. Кузьминой проведена научная реставрация, восстановившая комплекс в формах XVI века с сохранением поздних элементов. Была воссоздана Никольская церковь, что позволило сохранить уникальный тип сдвоенного храма - единственный сохранившийся пример такого рода в древнерусском зодчестве.
