Софийский собор в Великом Новгороде был заложен в 1045 году по повелению новгородского князя Владимира Ярославича, сына Ярослава Мудрого, и епископа Луки Жидяты. Строительство завершено к 1050 году. Храм возведен на месте сгоревшей в 1049 году деревянной церкви Святой Софии, которая имела 13 куполов. Новый собор построен севернее прежнего местоположения.
Собор представляет собой пятинефный крестово-купольный храм с тремя апсидами. Стены сложены из известняка и плинфы на цемяночном растворе. Первоначально стены не были оштукатурены, за исключением апсид и барабанов. Полная побелка фасадов произведена в 1151 году. В кладке использованы голосники - керамические сосуды для улучшения акустики.
В 1170 году во время осады Новгорода войсками Андрея Боголюбского произошло чудо от иконы Божией Матери «Знамение», которая стала одной из главных святынь собора. В XII веке храм расписывался фресками, частично сохранившимися до настоящего времени.
В 1570 году при разгроме Новгорода Иваном Грозным собор подвергся разграблению. В 1929 году храм был закрыт, в нем разместился антирелигиозный музей. В годы Великой Отечественной войны здание пострадало от артобстрелов, крест с центрального купола был вывезен в Испанию и возвращен лишь в 2004 году.
В 1991 году собор возвращен Русской Православной Церкви и 16 августа того же года заново освящен. В 2005-2007 годах проведена реставрация куполов. В интерьере сохранились иконостасы XV-XIX веков, бронзовые Магдебургские врата XII века, деревянное моленное место XVI века.