Монастырь был учреждён архиепископом Новгородским Симеоном и преподобным Саввой Вишерским, который ранее основал Саввин монастырь на реке Тьме в Тверской области.Преподобный Савва Вишерский известен своим подвигом столпничества и был канонизирован на втором Макарьевском соборе в 1549 году в лике преподобных.
В часовне монастыря долгое время хранился крест, водружённый преподобным Саввой. В 1460-х годах здесь было составлено «Житие Саввы Вишерского», одним из авторов которого стал игумен монастыря Геласий. Здесь же Пахомий Логофет составил службу святому Савве. Над мощами преподобного Саввы святитель архиепископ Иона построил своим иждивением каменную церковь Покрова Богородицы.
В конце XV века Савво-Вишерский монастырь был пожалован землёй от Славенского конца Торговой стороны Новгорода из своего кончанского фонда. При игумене Дорофее по приказу царя Ивана Грозного в 1574 году была устроена рака преподобному Савве. В 1662 году были построены каменные Вознесенская церковь и церковь во имя преподобного Саввы. В том же году каменная церковь Покрова, в которой сохранялись мощи преподобного, разрушилась, и деревянная рака была повреждена. Эта церковь была вскоре перестроена, образ возобновлён в 1668 году, а в 1670 году сооружена новая рака.
В 1764 году монастырь был закрыт указом императрицы Екатерины II. Однако благодаря усилиям иеромонаха Варлаама и монаха Иоасафа монастырь был возобновлён через семь лет, заново отстроен, украшен и увеличен в территории. Монахи Иоасаф и Варлаам один за другим стояли во главе монастыря, а после смерти были похоронены в соборной церкви.
В конце августа 1915 года в монастыре разместили насельниц эвакуированного Рижского Свято-Троицкого женского монастыря и его филиала Спасо-Преображенской пустыни во главе с игуменией Сергией. Иноков временно расселили в другие монастыри близ Новгорода. В 1930-х годах монастырь был закрыт.
Монастырские постройки значительно пострадали в военные годы. Вознесенский собор был приспособлен под слесарные мастерские, силосную башню и хранилище молока. В ещё сохранном виде он простоял как минимум до 1974 года. До 1974 года в отличном состоянии сохранился и Береговой (настоятельский) корпус. Позже все постройки были разобраны на кирпич. Сегодня от монастыря не осталось камня на камне. На его месте в 1992 году была поставлена часовня. Недалеко от неё можно увидеть два уцелевших фрагмента, по-видимому, соборных столпов.
