Первоначально на этом месте в 1670 году была построена деревянная однопрестольная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Инициатором строительства выступил дворянин Савва Боровитин. Храм был возведен на каменном фундаменте, имел колокольню и систему отопления, что делало его пригодным для использования в холодное время года. До 1863 года церковь являлась приписной к Иоанно-Богословской и Водской Воскресенской церквям.
К середине XIX века деревянная постройка обветшала, и было принято решение о возведении нового каменного храма на том же месте. Строительство началось в 1875 году и осуществлялось на средства прихожан и добровольные пожертвования. Согласно Высочайшему разрешению императора Александра II, при строительстве использовались материалы от разобранных зданий упраздненных военных поселений. Новый храм был выполнен в традициях русской православной архитектуры того времени.
Внутреннее убранство церкви включало трехъярусный иконостас. На северной стороне иконостаса находилась Феодоровская икона Божией Матери конца XVIII века в металлической ризе. Слева от царских врат было установлено резное изображение преподобного Нила Столобенского, перенесенное из приписной церкви святого Нила Столобенского, которая была построена в 1670 году и восстановлена в 1909 году.
Приход Покровской церкви включал село Витка (Подъелье) и деревни Моторово, Трубичино, Стипенка. При храме были организованы две школы – в селе Витка и в деревне Трубичино. Церковная библиотека насчитывала 226 книг.
В 1937 году, в период антирелигиозной политики советского государства, церковь была закрыта по постановлению Ленинградского областного исполнительного комитета. Здание использовалось под склад строительных материалов, что привело к утрате многих элементов внутреннего убранства.
В 1998 году храм был возвращен Новгородской епархии. 14 октября того же года состоялось его повторное освящение архиепископом Новгородским и Старорусским Львом. В ходе восстановительных работ были реконструированы колокольня с колоколами и икона Покрова Пресвятой Богородицы, расположенная над алтарем. Фасад здания подвергся косметическому ремонту, что позволило вернуть храму его исторический облик.
