История храмов в Пирогово начинается с конца XIX века. В 1899 году на территории фабрики Чернышевых была построена деревянная Преображенская церковь в псевдорусском стиле. Церковным старостой храма был потомственный почетный гражданин Андрей Михайлович Чернышев. Однако в 1932 году храм был закрыт, а в 1970-е годы перестроен под школу, позднее на его месте появились жилые дома.
В конце XX века, с началом возрождения духовной жизни в России, возникла необходимость в строительстве нового храма для удовлетворения религиозных потребностей местного населения. В 2001 году началось строительство нового каменного храма в честь Преображения Господня. Архитектором проекта выступил В.Н. Ижиков. Строительство велось на пожертвования прихожан и благотворителей.
В 2008 году строительство храма было завершено, и он был освящен. Архитектурно храм представляет собой кирпичное здание, выполненное в традициях русской православной архитектуры. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для храмового зодчества. Внутреннее убранство храма включает иконостас и росписи на евангельские сюжеты.
С момента открытия в храме регулярно проводятся богослужения, праздники и обряды. При храме действует воскресная школа для детей и взрослых, организуются благотворительные акции и культурные мероприятия. Храм стал центром духовной жизни для многих жителей Пирогово и окрестностей.
В 2014 году при храме была открыта библиотека духовной литературы, доступная для всех желающих. Также организуются паломнические поездки по святым местам России, что способствует укреплению духовных связей и расширению кругозора прихожан.
В 2018 году, в честь десятилетия со дня основания храма, была проведена реставрация, включавшая обновление фасадов, внутреннего убранства и благоустройство прилегающей территории. Были установлены новые колокола, отлитые на одном из старейших колокололитейных заводов России.
В настоящее время Преображенский храм продолжает активно развиваться, оставаясь важным духовным и культурным центром деревни Пирогово и городского округа Мытищи. Его деятельность направлена на укрепление православных традиций, воспитание подрастающего поколения в духе христианских ценностей и поддержку социально значимых инициатив.