Первые упоминания о селе Пруссы относятся к началу XVII века. В 1619 году село было пожаловано царем князю И.М. Катыреву-Ростовскому. В то время в селе существовала деревянная церковь Рождества Пресвятой Богородицы, рядом с которой находился двор вотчинника и четыре двора задворных людей.
В начале XIX века, в 1814 году, на месте деревянной церкви была возведена каменная церковь в стиле ампир с тремя куполами и пределами в честь святых Флора и Лавра. Строительство велось на средства Е.Г. Абрикосова, известного фабриканта и благотворителя, который был последним владельцем имения в Пруссах.
После революции 1917 года и последовавших за ней социальных преобразований, храм, как и многие религиозные сооружения того времени, подвергся разрушению. Строительство канала имени Москвы, начатое в 1932 году, привело к затоплению обширных территорий, включая кладбище рядом с храмом, а само здание церкви было полностью разрушено.
Долгое время место, где стоял храм, оставалось пустырем. Лишь в 2005 году, благодаря усилиям местных жителей и верующих, начались работы по восстановлению церкви. В период с 2004 по 2005 годы был построен новый деревянный храм, который стал духовным центром для местного населения.
Современный храм представляет собой деревянное здание с традиционной православной архитектурой. Он продолжает служить местом молитвы и духовного общения для жителей деревни Пруссы и окрестных населенных пунктов. При храме проводятся богослужения, а также мероприятия, направленные на духовное просвещение и укрепление православных традиций.
