Обитель была основана в 1623 году игуменией Параскевой (Племянниковой), прибывшей в Енисейск из Нижнего Новгорода. Первоначально монастырь назывался Христорождественским, в честь Рождества Христова, и включал деревянную церковь с тем же посвящением. В 1673 году церковь сгорела, и на её месте была построена новая деревянная церковь в честь Владимирской иконы Божией Матери.
В 1758 году вместо прежней деревянной Христорождественской церкви была построена каменная двухэтажная церковь с шестью приделами. В описаниях монастыря прошлых столетий подчёркивалось, что она "почитается богатейшею во всей Сибири" . В 1869 году пожар уничтожил все строения монастыря, включая церковь. В 1871 году была построена новая каменная церковь в честь Иверской иконы Божией Матери, после чего монастырь получил название Иверский .
В XIX веке монастырь активно развивался: при нём действовали церковно-приходская школа, больница, золотошвейная мастерская. В 1843 году в обители жил и был похоронен местночтимый святой Даниил Ачинский, над его могилой была построена часовня .
В 1920 году, с целью сохранения монастыря, монахини организовали сельхозпроизводственную артель, однако в 1923 году монастырь был окончательно закрыт. В последующие годы здания монастыря использовались для различных нужд: в них размещались колония для несовершеннолетних, клуб, общежитие, народный театр. В этот период были утрачены архитектурные элементы, включая восьмигранные барабаны над храмовой частью и алтарём .
Восстановление монастыря началось в 1998 году. В 2002 году был восстановлен и вновь освящён Воскресенский храм, построенный в 1735–1747 годах. Также были восстановлены службы в Иверской церкви . В настоящее время монастырь продолжает функционировать.
Архитектурный облик монастыря сочетает элементы сибирского барокко и традиционного русского зодчества. Церковь Иверской иконы Божией Матери представляет собой однокупольный храм с восьмериком и шатровым завершением. Внутреннее убранство храма включает росписи с богородичными сюжетами, выполненные московскими мастерами-монументалистами .
