Часовня праведного Даниила Ачинского была сооружена в 1859–1860 годах на территории Христорождественского (позже Иверского) женского монастыря в Енисейске. Инициатором строительства выступил енисейский купец первой гильдии Александр Данилович Данилов, являвшийся крестным сыном старца Даниила. Разрешение на возведение часовни-памятника было получено от Томской духовной консистории после личного освидетельствования могилы епископом Томским и Енисейским Парфением.
Закладка каменной часовни состоялась 5 июня 1859 года в пяти саженях к северу от Христорождественской церкви. К концу того же года строительные работы были завершены. Часовня была освящена 3 января 1860 года. В ней регулярно совершались панихиды по старцу Даниилу, причем не только монашествующими, но и приезжавшими из разных мест Сибири паломниками.
В августе 1869 года часовня серьезно пострадала во время крупного пожара в Енисейске, уничтожившего большинство монастырских построек. В 1871 году по инициативе игуменьи Афанасии (Потемкиной) и при финансовой поддержке купца Данилова часовня была отремонтирована. В этот же период монастырь был переименован в Иверский в связи с освящением нового главного храма в честь Иверской иконы Божией Матери.
В 1923 году Иверский монастырь был окончательно закрыт советскими властями. Часовня праведного Даниила Ачинского, как и другие монастырские постройки, была утрачена. В 1998 году началось возрождение монастыря, однако часовня на могиле старца Даниила не восстанавливалась. В настоящее время на территории монастыря сохранился фрагмент надгробной плиты праведного Даниила, обнаруженный в конце XX века на городской свалке.