В 1621 году в Енисейске была построена первая деревянная церковь Рождества Иоанна Предтечи. С течением времени деревянное здание обветшало, и в 1676–1683 годах на его месте было возведено каменное сооружение. Этот храм стал одним из первых каменных зданий в городе и символизировал укрепление православной веры в регионе.
Архитектурно храм представляет собой образец сибирского барокко с элементами традиционного русского зодчества. Здание выполнено из кирпича, имеет одноглавую структуру с колокольней и трапезной. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для архитектуры того периода.
В XVIII–XIX веках храм подвергался реконструкциям и реставрациям. В советский период, как и многие религиозные сооружения, храм был закрыт и использовался в хозяйственных целях. Однако в 1991 году здание было возвращено Русской Православной Церкви, и начались работы по его восстановлению.
