Церковь получила своё название от места жительства мастеров Денежного (Серебряного) двора, известных как «серебряники». Точная дата основания храма неизвестна, но в письменных источниках он упоминается с 1620 года. Первоначально деревянная церковь была заменена каменной в 1657 году.
В 1750 году был построен второй придел во имя Василия Великого. С 1764 по 1768 годы, рядом с храмом, по инициативе помещика Афанасия Гончарова, была возведена колокольня, проект которой, вероятно, принадлежал архитектору Карлу Бланку.
В 1781 году храм был полностью перестроен на средства купчихи Татьяны Суровщиковой. От старого здания сохранились только подклет и часть стен главного храма. Колокольня была перенесена ближе к Яузской улице.
В 1890 году архитектор Вячеслав Жигардлович расширил трапезную часть храма.
После 1917 года храм был закрыт. В 1930-х годах позолоченные купола и кресты были демонтированы. Здание использовалось как склад, а в 1959 году начались ремонтные работы в ожидании визита президента США Дуайта Эйзенхауэра, который так и не состоялся. Работы были приостановлены, а леса вокруг здания простояли до 1965 года. В 1990 году в храме располагался склад студии «Диафильм».
В 1993 году храм был возвращён Русской Православной Церкви. С 2001 года в нём регулярно проводятся богослужения. В 2018–2019 годах были проведены реставрационные работы росписей храма силами преподавателей и студентов Санкт-Петербургской государственной художественно-промышленной академии им. А. Л. Штиглица.
