Первое упоминание о приходе храма относится к первой трети XVI века. Существующий каменный храм был построен в 1595 году купцом Саввой Емельяновичем Вагиным, что подтверждается сохранившейся закладной доской. Главный престол храма был освящён в честь великомученика Никиты, а боковые пределы — в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и равноапостольной княгини Ольги.
Архитектурно храм представляет собой бесстолпный кубический одноглавый храм с шатровой колокольней. В первой половине XVII века к храму был пристроен южный придел Благовещения Пресвятой Богородицы с трёхчастной апсидой и трапезной. В 1685 году была добавлена шатровая колокольня, соответствующая архитектурным формам второй четверти XVII века. В XVIII веке храм подвергся перестройке, приобретя черты барокко, а также был построен западный двухэтажный притвор. В 1740 году был освящён придел преподобного Онуфрия Великого и Петра Афонского.
В XIX веке храм продолжал функционировать, несмотря на изменения в городской застройке. В 1812 году, во время Отечественной войны, Гончарная улица, где расположен храм, была практически уничтожена пожаром. Однако храм уцелел и был восстановлен. В 1882 году была построена новая каменная церковь Никиты Великомученика, расположенная в Большом Ватином переулке.
После революции 1917 года храм, как и многие другие, был закрыт. Однако в 1945 году здание было возвращено Русской Православной Церкви и передано Афонскому Свято-Пантелеимонову монастырю. С 1950-х годов храм стал известен как Афонское подворье, служа местом пребывания иночествующих монахов с Афона и духовного центра для православных верующих.
Архитектурный ансамбль храма включает в себя не только основное здание церкви, но и прилегающие территории с часовнями и оградой, создающими единый комплекс. Внутреннее убранство храма отражает традиции афонского монашества, с иконостасом и росписями, выполненными в византийском стиле. Особое внимание привлекает колокольня с шатровым завершением, являющаяся характерным элементом русской церковной архитектуры XVII века.
