Первое упоминание о церкви на этом месте датируется 1493 годом, когда летописи сообщают о пожаре, уничтожившем деревянный храм «Зачатиа, что на Востром углу». Топоним «на Востром углу» связан с географическим положением участка, который острым клином вдавался в Васильевский луг. После возведения в 1530-х годах Китайгородской стены этот район превратился в замкнутый угол посада, что отразилось в названии храма — «что в углу».
Точная дата строительства каменного храма остается предметом дискуссий среди исследователей. Некоторые источники предполагают, что каменная церковь была возведена после пожара 1547 года, в котором пострадал предыдущий храм. В Переписной книге 1626 года церковь уже упоминается как каменная постройка.
В XVII веке храм претерпел значительные изменения. В 1617 году, возможно, по инициативе князя Дмитрия Пожарского в честь освобождения Москвы от польско-литовских интервентов, был построен южный придел во имя великомученика Мины Котуанского. Северный придел, посвященный великомученице Екатерине, появился в период с 1658 по 1668 годы, что, предположительно, связано с рождением у царя Алексея Михайловича дочери Екатерины. В это же время вокруг храма была сооружена галерея-паперть (гульбище).
Архитектурно храм представляет собой бесстолпный четверик с крещатым сводом, установленный на подклете. С востока к основному объему примыкает полукруглая апсида. Фасады разделены на три части лопатками и увенчаны трифолиями. Массивный барабан, венчающий храм, изначально был глухим и украшен нишами с узкими пилястрами и ложными арками.
В XVIII веке, в 1752 году, на средства купчихи П.М. Замятиной к северо-западу от храма была возведена двухъярусная колокольня, примыкающая к гульбищу. В XIX веке в церкви появились приделы в честь Девяти мучеников Кизических, а также мучеников Виктора и Викентия.
После революции 1917 года храм был закрыт. В последующие десятилетия здание использовалось для различных нужд, включая размещение конторских и туристических учреждений, что привело к утрате внутреннего убранства.
В 1954–1957 годах под руководством архитектора Льва Давида была проведена реставрация храма с целью восстановления его первоначального облика. В ходе работ были удалены поздние наслоения, восстановлены перспективные порталы с килевидными завершениями и выявлены остатки древнего покрытия. Колокольня XIX века была разобрана.
В 1994 году храм был возвращен Русской Православной Церкви и освящен. В период строительства парка «Зарядье» богослужения временно не проводились, однако после завершения работ храм вновь открыл свои двери для прихожан.
