Первое упоминание о храме содержится в духовной грамоте великого князя Василия II, датируемой 1462 годом, где он передаёт дворы около церкви святого Георгия своему сыну Борису. Это свидетельствует о существовании на этом месте храма ещё в XV веке. Название «Псковская горка» связано с переселением псковичей в Москву в начале XVI века по указу великого князя Василия III, которые обосновались в районе современной улицы Варварки. Таким образом, местность получила название «Псковская горка», а храм стал центром духовной жизни переселенцев.
В 1657–1658 годах на месте старого деревянного храма был возведён новый каменный пятиглавый храм в стиле московского узорочья. Здание построено на высоком подклете, сохранившемся от предыдущего храма, с отдельными помещениями, использовавшимися для хранения имущества горожан во время пожаров и бедствий. Фасады храма украшены многорядным карнизом из профильного кирпича с кокошниками, глухими барабанами с луковичными главами. Окна алтарных выступов декорированы наличниками. Внутреннее пространство представляет собой двусветный зал с сомкнутым сводом.
Во время Отечественной войны 1812 года храм значительно пострадал. В 1818 году была проведена его реставрация, в ходе которой с западной стороны пристроена просторная трапезная, с северной — паперть-гульбище и двухъярусная колокольня. Эти пристройки выполнены в псевдоготическом стиле, при этом верхний ярус колокольни — в стиле ампир, что создаёт контраст с основным зданием храма.
Главный престол храма освящён в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В 1818 году был освящён северный придел во имя великомученика Георгия Победоносца, а в 1837 году — южный придел во имя святителя Петра, митрополита Московского.
В советский период храм был закрыт и использовался под склад, находясь в запустении. В 1965–1972 годах под руководством архитектора Е. А. Дейстфельдта была проведена внешняя реставрация здания. В 1979 году церковь передали Всероссийскому обществу охраны памятников истории и культуры, и она использовалась как выставочный зал.
В 1991 году храм был возвращён Русской Православной Церкви, и с 1995 года в нём возобновились богослужения. В настоящее время храм является действующим и относится к Иверскому благочинию Московской епархии. Среди святынь храма — список Казанской иконы Божией Матери, иконы святителя Спиридона Тримифунтского, праведного воина Феодора Ушакова, мученицы Людмилы Чешской с мощами святых угодников, а также ковчежец с мощами великомученика Георгия Победоносца.
