Первое упоминание о церкви на этом месте относится к 1619 году. Согласно историческим данным, в 1625 году здесь уже существовал храм, освящённый в честь Рождества Иоанна Предтечи. В 1741 году фабрикант Фёдор Семёнович Подсевальщиков инициировал строительство нового каменного храма на месте прежнего. Новый храм стал редким примером скромного посадского храма в Китай-городе.
Архитектурно здание представляет собой высокий четверик, перекрытый сомкнутым сводом и увенчанный небольшим световым восьмериком с главой. Нижний ярус четверика объединён с трапезной и гранёной апсидой общим белокаменным карнизом сложного профиля. Углы всех частей здания выделены лопатками. Высокие окна второго света первоначально имели белокаменные резные обрамления и навершия; над ними располагались восьмигранные ниши, вытянутые по горизонтали. Северный придел во имя Климента папы Римского был перестроен в 1822 году в ампирных формах и объединён с расширенной трапезной. В 1875 году с южной стороны был устроен придел в честь Боголюбской иконы Божией Матери.
После революции 1917 года храм был закрыт. В 1920-х годах здание использовалось под детский сад, затем под конторские помещения. Ограда и ворота были уничтожены, колокольня разобрана до второго яруса, главы с крестами сняты, архитектурный декор частично утрачен. В 1958 году здание было перестроено под жилой дом. С 1970-х годов в нём размещалось учреждение «Оргкоммунэнерго» Министерства жилищно-коммунального хозяйства РСФСР. В 1990 году помещения храма использовались как склад ЦК КПСС.
25 июля 1991 года президиум Моссовета принял решение о возвращении церкви Русской Православной Церкви. Однако активные реставрационные работы начались лишь в 2009 году, когда над зданием был установлен деревянный крест и проведены исследования фасадов. В 2015–2016 годах были проведены реставрационные работы на фасадах, восстановлен декор и завершения колокольни и церкви, раскрыта первоначальная живопись в нишах над окнами.
