Строительство храма осуществлялось в память о чудесном спасении императорской семьи в железнодорожной катастрофе под Харьковом 17 октября 1888 года.Освящение церкви состоялось в 1899 году.В том же году, 12 августа, деревню посетил архиепископ Тверской и Кашинский Димитрий, который выслушал просьбу местных жителей об открытии самостоятельного прихода.По Указу Святейшего Синода от 11 октября 1899 года за № 6307 был учреждён приход с причтом, состоящим из священника и псаломщика.
Архитектурный облик храма представляет собой образец русской эклектики конца XIX века. Здание построено из кирпича, с белокаменным цоколем и покрыто железом. Крышу венчали пять глав с крестами: четыре малые главки на глухих барабанах и одна центральная, массивная глава на световом барабане. Фасады украшены рустованными стенами, белокаменными наличниками, карнизными поясами, нишами и орнаментами, выполненными из кирпича. Иконостас внутри храма был трёхъярусным. Рядом с церковью находилась невысокая каменная колокольня под четырёхскатной крышей, увенчанной крестом, с которой звонили шесть колоколов.
Приход церкви включал жителей деревни Филиппово и окрестных населённых пунктов: Рязань, Воробьёво, Дубровка, Шутово, общей численностью более 800 человек. Значительный вклад в устройство церкви внёс священник Кимрского Покровского собора Иоанн Матвеевич Никольский. В декабре 1899 года он был награждён скуфьей за устройство храма в деревне Филиппово, а в мае 1910 года — наперсным крестом за отличную усердную службу и расширение Филипповского храма. С 1888 года отец Иоанн принимал активное участие в устройстве Филипповской церковно-приходской школы, с момента её открытия в сентябре 1888 года он состоял в ней законоучителем, а с 1893 по 1899 год был её заведующим.
В 1935–1936 годах храм был закрыт в рамках антирелигиозной политики советского государства. Здание церкви использовалось под зерносклад, ручную мельницу, а позднее — как конюшня. Звонница не сохранилась. Впоследствии здание храма пришло в запустение и находилось в заброшенном состоянии.
В начале XXI века начались работы по восстановлению храма. Центр «Сельская церковь» под руководством С.А. Мельниковой восстановил покрытие храма, предохранив его от дальнейшего разрушения. Был создан попечительский совет, возглавленный местным жителем Сергеем Бравовым. В восстановлении храма приняли участие спонсоры из Москвы. Значительный вклад в реставрацию внёс главный архитектор Москомстроя Альфред Рудольфович Кеглер. В ходе работ были восстановлены две главы куполов с крестами.
