Храм святителя Николая Чудотворца в Свияжске был построен в 1555–1556 годах псковскими мастерами под руководством зодчего Ивана Ширяя. Церковь возведена из тесаного известняка и является древнейшим каменным сооружением на территории Свияжского Богородице-Успенского монастыря. Первоначально храм представлял собой одноглавый четверик с пощипцовым завершением фасадов и обширной трапезной палатой.
В начале XVII века к юго-восточной стороне церкви была пристроена колокольня, которая впоследствии, на рубеже XVII–XVIII веков, была значительно надстроена. В этот же период декор здания изменен в нарышкинском стиле. Колокольня достигла высоты 43 метра и стала самым высоким сооружением в Свияжске. На ней были установлены пять колоколов, включая главный колокол весом 525 пудов (около 8,5 тонн), отлитый в 1852 году.
Храм имел три престола: главный — в честь святителя Николая Чудотворца, придельный — Казанской иконы Божией Матери и под колокольней — во имя трех святителей Казанских. Главной святыней церкви являлась икона Николы Можайского, принесенная стрельцами из Москвы. В храме сохранялась древняя келья святителя Германа, основателя монастыря, где в начале XX века еще находились его личные вещи.
В 1825 году храм был упразднен за незначительностью прихода, но в 1831 году, после чудесного явления на кресте колокольни, восстановлен на средства графа Апраксина и приписан к Богородицко-Рождественскому собору. В советский период, в 1920-х годах, церковь была закрыта, а ее главка разрушена. В 1990-х годах храм возвращен монастырю и вновь освящен. В 2021 году завершена реставрация Никольской церкви.
Архитектурно храм представляет редкий тип церкви-колокольни с массивной башней на монолитном основании. На восточном фасаде сохранился фрагмент фрески с изображением Николы Можайского, что свидетельствует о существовании первоначальной росписи стен. Из нижнего яруса колокольни вел потайной подземный ход к Щучьему озеру, предназначенный для снабжения водой в случае осады.
