Село Субботино было основано в 1845 году переселенцами из Вятской губернии, включая семьи Домниных, Огородниковых и Федосимовых. Вскоре после основания села возникла необходимость в строительстве собственного храма для обеспечивания духовного окормления жителей. На сельском сходе было принято решение о возведении деревянной церкви за счет общественных средств и усилий сельчан. Каждая семья обязалась предоставить строительные материалы и трудовые ресурсы. В результате, в 1864 году строительство было завершено, и 21 июля того же года церковь была освящена во имя Казанской иконы Божией Матери по благословению Преосвященного Никодима, епископа Енисейского и Красноярского.
К началу XX века деревянная церковь уже не вмещала всех прихожан из Субботино и окрестных деревень. В 1907 году было принято решение о строительстве нового кирпичного храма по проекту енисейского губернского архитектора А.А. Фольбаума. Строительство осуществлялось приглашенной артелью мастеров при активном участии местных жителей. Кирпич для строительства изготавливали жители села Субботино Фрол и Григорий Мамкины. В октябре 1907 года младший архитектор Енисейского губернского строительного правления В.А. Соколовский провел приемку качества выполненных работ. 10 июля 1908 года состоялось освящение нового храма, а в 1909 году на колокольню был поднят главный колокол.
Архитектурно храм представляет собой кирпичное одноэтажное здание с крестообразной трехчастной планировкой. Квадратный в основании храмовый четверик с востока примыкает к полукруглой алтарной апсиде. Северный и южный рукава креста образованы прямоугольными в плане приделами. Западный рукав занимает вытянутое помещение трапезной с примыкающей папертью. Особенностью структуры плана является узкое помещение перед папертью. Основной объем здания увенчан высокой четырехгранной крышей с усложненной формой, скрывающей сводчатое перекрытие. Фасады украшены килевидными фронтонами и закомарами, характерными для русского стиля.
В 1936 году, в период антирелигиозной политики советской власти, храм был закрыт, частично разрушен, а его имущество конфисковано. Здание использовалось под различные нужды: в нем размещались сельский клуб, библиотека, а затем склад для хранения травяной муки. Впоследствии храм оказался заброшенным и подвергался разрушению.
С началом перестройки в 1990 году местные жители, включая учителей-пенсионеров и других энтузиастов, инициировали восстановление храма. На сельском сходе было принято решение о реставрации церкви. К 4 ноября 1997 года, к престольному празднику Казанской иконы Божией Матери, внутренние отделочные работы были завершены, и возобновились богослужения. Летом 1998 года начались наружные отделочные работы, включая восстановление колокольни и установку колоколов.