Петропавловский храм в Шушенском был основан в XVIII веке. Каменное здание церкви с престолами во имя святых апостолов Петра и Павла и приделом в честь святителя Николая Мирликийского было построено на средства прихожан в 1791 году. Приход находился в 546 верстах от епархиального города и в 55 верстах от уездного Минусинска. В состав прихода входили село Шушенское и две деревни: Ермолаево и Ново-Вознесенская.
По данным на начало XX века, в приходе числилось 3509 прихожан. Причт состоял из священника и псаломщика, получавших жалование в размере 400 и 150 рублей соответственно. Земельный надел причта составлял 54 десятины. В селе действовала министерская школа, открытая в 1861 году. Большинство жителей прихода были православными, за исключением 50 человек, принадлежавших к сектантским общинам.
В 1938 году храм был разрушен. На его месте было возведено здание Дома культуры. Богослужебная жизнь в Шушенском возобновилась в 1991 году после воссоздания прихода. Первоначально богослужения совершались во временном помещении, а с 1998 года - в переоборудованном здании бывшего районного отдела милиции.
С 2011 года велось строительство нового кирпичного храма на средства прихожан. Однопрестольный храм был освящен 12 июля 2019 года. Архитектурное решение нового храма отличается от исторического здания XVIII века, которое было значительно больше по размерам.