Деревянная церковь во имя св. Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна – главный храм Иоанно-Предтеченского скита. Она была заложена 16 августа 1821 года и менее чем за полгода полностью построена из соснового леса скита. Освящение храма совершил 5 февраля 1822 года настоятель Оптиной пустыни игумен Даниил, причём торжественно из монастыря в скит был совершён крестный ход. Небольшая церковь Иоанна Предтечи выполнена из дерева и окрашена в тёмно-красный цвет; её фасад украшает изящный белый колонный портик, придающий зданию сходство с усадебным домом. Внутри изначально царил подчёркнуто аскетичный дух, чтобы ничто не отвлекало братии от молитвы. Эта церковь стала «сердцем» скита – в ней старцы и скитяне совершали свои непрестанные богослужения и молитвы.
В XX веке храм Иоанна Предтечи обветшал, но полностью разрушен не был. После возвращения скита (1988) церковь была отреставрирована. Внутренние помещения храма заново расписаны иконописцами обители, сохранившими дух древней скитской простоты. Богослужения в церкви Предтечи совершаются по особому скитскому распорядку – глубокой ночью и ранним утром; присутствуют на них только насельники обители (для мирян храм закрыт). Тем не менее, паломники могут увидеть сам этот древний храм со стороны скитской ограды – его красные стены и золочённый купол виднеются среди деревьев, напоминая о славной истории оптинского старчества. Интересно, что облик скита и этой церкви описан Ф.М.Достоевским в романе «Братья Карамазовы» – писатель упоминает небольшую розовую колоколенку над воротами и цветы вокруг храма и келий.