Первая деревянная церковь с двумя приделами в честь Богоявления Господня и пророка Илии была построена в селе Ильинка 19 января 1689 года. До 1758 года здесь находился благочинный Селенгинского дистрикта. В 1802 году деревянный храм сгорел, и 19 октября 1803 года на его месте была заложена каменная церковь, строительство которой завершилось в 1806 году. Верхний придел во имя пророка Илии с колокольней был построен и освящён 20 декабря 1824 года. В начале XIX века на горе, расположенной в двух верстах от села, была явлена икона главы Иоанна Предтечи, в честь чего 25 мая был установлен приходской праздник с крестным ходом на Иоаннову гору.
Архитектурно храм представляет собой двухэтажное кирпичное здание с толщиной стен до 1,75 метра. Верхний придел посвящён пророку Илии, нижний — Богоявлению Господню. В 1867 году храм был покрыт железом при активной помощи прихожан. При храме действовала одноклассная церковно-приходская школа, в которой в 1910 году учительницей была Мария Ивановна Громова. К 1893 году число прихожан составляло 2020 человек обоего пола.
В 1930-е годы храм был закрыт, и в его здании последовательно размещались школа, мастерские, гостиница. Впоследствии здание не использовалось для хозяйственных нужд.
В 1994 году был зарегистрирован приход Бурятского благочиния Забайкальской епархии Русской Православной Церкви, и началось возрождение храма. В 2005 году храм был частично разобран в ожидании федеральных средств на реставрацию, однако поступивших средств оказалось недостаточно, и с тех пор храм находится в полуразрушенном состоянии. Несмотря на это, богослужения и требы продолжают проводиться в здании, расположенном рядом с храмом.
