Свято-Троицкий Селенгинский монастырь основан в 1681 году по указу царя Федора Алексеевича и грамоте патриарха Иоакима как опорный пункт Даурской духовной миссии. Первоначальное строительство велось под руководством игумена Феодосия на месте Никольской церкви, возведенной нерчинскими служилыми людьми в 1675 году. К 1684 году был освящен главный деревянный храм во имя Святой Троицы, а к 1690 году завершено формирование монастырского комплекса с оборонительными стенами.
В XVII-XVIII веках монастырь выполнял функции военно-административного центра: содержал арсенал (на 1732 год — 3 пушки, 65 самопалов), контролировал почтовое сообщение до Кяхты (с 1735 года) и владел обширными землями от Хамар-Дабана до дельты Селенги. В 1688 году при участии монастыря построен Ильинский острог. Хозяйственная деятельность включала солеварение (1680-е), мельничное дело и земледелие на пожалованных территориях Хилоцкой вотчины.
Архитектурный ансамбль неоднократно перестраивался. Деревянный Троицкий собор 1684 года заменен каменным в стиле барокко в 1785 году. Никольская церковь (1675) реконструирована в камне к 1905 году. Надвратная Михаило-Архангельская церковь возведена в 1835 году, Всесвятская — в 1713 году. Каменная ограда заменяла деревянную в 1831-1876 годах.
В 1920 году монастырь закрыт советской властью. На его территории последовательно размещались колония для преступников и психиатрическая больница (70 лет). Передан Русской Православной Церкви в 2006 году. Сохранившиеся постройки включают Троицкий собор, Никольскую и Михаило-Архангельскую церкви, находящиеся в процессе реставрации.