Первое упоминание о деревянной церкви на этом месте датируется 1397 годом. В 1495—1496 годах, после пожара, уничтожившего прежний храм, была возведена каменная церковь, сохранившаяся до наших дней. Она являлась административным центром Богоявленского конца Пскова, где проводились вечевые собрания и хранились важные документы.
Архитектурный облик храма отличается сложной и асимметричной композицией. Основной объем представляет собой одноглавый трёхапсидный четверик с притвором и галереями. К нему примыкают два придела: северный — во имя Трёх Святителей и южный — во имя Усекновения главы Иоанна Крестителя. На северо-западном углу расположена крупная палатка на подклёте с четырёхпролётной звонницей XVI века.
В 1538 году, согласно летописным источникам, на Запсковье соседи церкви Богоявления приняли решение о строительстве нового придела во имя Трёх Святителей.
В XVIII веке, по указу Псковской духовной консистории от 31 августа 1786 года, к церкви были приписаны храмы Нерукотворного Образа Спасителя и Преображения Господня. В 1897 году при храме было открыто церковно-приходское попечительство, а рядом с церковью Нерукотворного Образа построен кирпичный одноэтажный дом для церковно-приходской школы, открытой 8 октября 1898 года. В школе обучались 100 учеников обоего пола.
В 1936 году церковь была закрыта, а здание использовалось под склад. Во время Великой Отечественной войны храм значительно пострадал от бомбардировок и артиллерийских обстрелов, что привело к утрате иконостаса XVIII века. В послевоенные годы, с 1946 по 1953 год, под руководством архитектора Ю. П. Спегальского была проведена реставрация церкви. В 1960 году храм был взят под охрану государства как памятник республиканского значения.
В 1990-х годах, под руководством архитектора А. К. Богодухова, были проведены противоаварийные, исследовательские и археологические работы. В 2000—2009 годах, в рамках федеральной программы «Культура России», осуществлены проектные работы по восстановлению церкви. В 2005 году здание было передано в ведение Псковской епархии. 6 ноября 2007 года в храме состоялась первая служба после длительного перерыва. 13 октября 2008 года митрополит Псковский и Великолукский Евсевий освятил семь новых колоколов, отлитых в Воронеже.
7 июля 2019 года, решением 43-й сессии комитета всемирного наследия ЮНЕСКО, церковь Богоявления с Запсковья была включена в список всемирного наследия в составе объектов псковской архитектурной школы.
