Инициатором строительства выступил новгородский архиепископ Пимен, который одновременно заложил и Тихвинский Богородичный Успенский мужской монастырь.Обе обители были возведены на месте явления Тихвинской иконы Божией Матери.
В начале XVII века, в 1604 году, в монастырь прибыла инокиня Дария, в миру известная как Анна Алексеевна Колтовская — четвёртая супруга Ивана Грозного. После пострига она стала игуменьей обители и внесла значительный вклад в её развитие, восстановив и расширив монастырские строения. Дария была похоронена в соборном храме монастыря в 1626 году.
Во время польско-шведской интервенции в 1613 году монастырь подвергся нападению со стороны шведских войск под командованием Якоба Делагарди. Обитель была захвачена и сожжена, что привело к значительным разрушениям. После окончания военных действий монастырь был восстановлен усилиями монахинь и благотворителей.
В XVIII—XIX веках монастырь продолжал развиваться. В 1863 году в обитель поступила Мария Солопова, впоследствии известная как игуменья Таисия Леушинская. Она начала свой иноческий путь в Введенском монастыре.
В 1924 году, в период антирелигиозной политики советского государства, монастырь был закрыт, а его здания использовались в различных светских целях. В 1937 году игуменья обители Иоанникия (Кожевникова) была арестована и расстреляна, что отражает трагические события того времени.
