Основание монастыря датируется периодом между 1328 и 1330 годами и связано с деятельностью монаха Киево-Печерского монастыря Дионисия, впоследствии ставшего архиепископом Суздальским.
Дионисий прибыл в Нижний Новгород из Киева, неся с собой список Печерской Нерукотворной иконы Божией Матери, которая стала главной святыней новой обители. На крутом берегу Волги он выкопал пещеру, где поселился для молитвы и поста. Со временем к нему присоединились другие иноки, и была основана деревянная церковь во имя Вознесения Господня, что дало название монастырю. Название "Печерский" связано с пещерами, выкопанными монахами для проживания и молитвы.
В 1597 году монастырь был разрушен оползнем, что потребовало его переноса на новое место, ближе к городу. Строительство новых каменных сооружений началось в 1631 году под руководством зодчего Лаврентия Семёновича Возоулина. К 1640 году был возведен пятиглавый Вознесенский собор с приделом в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В последующие годы были построены шатровая колокольня, Успенская церковь с трапезной палатой и надвратная церковь преподобного Евфимия Суздальского.
В XVIII—XIX веках монастырь продолжал развиваться. В этот период были построены дополнительные корпуса, включая братский и игуменский, а также обновлены некоторые храмы. Архитектура монастыря сочетает элементы русского зодчества и классицизма, что отражает различные этапы его строительства и реконструкции.
