Свято-Троицкий Данилов монастырь основан в 1508 году преподобным Даниилом Переславским, иноком Никитского монастыря, духовником великого князя Василия III. Первоначально обитель именовалась Всехсвятской, по названию деревянной церкви, построенной на месте городской скудельницы (братского кладбища для безвестных умерших). Каменный Троицкий собор возведен в 1530-1532 годах по велению Василия III в честь рождения наследника — будущего царя Ивана IV. Преподобный Даниил стал восприемником (крестным отцом) младенца.
В Смутное время монастырь подвергся разорению польско-литовскими отрядами: храмы были осквернены, архив уничтожен, крестьянские дворы разграблены. Восстановление началось после обретения мощей преподобного Даниила в 1652 году. Во второй половине XVII века обитель получила крупные пожертвования от боярина И.П. Барятинского, позволившие перестроить комплекс в камне. На его средства возведены трапезная церковь Похвалы Богородицы (1695), кельи и ограда.
Архитектурный ансамбль включает Троицкий собор с шатровой колокольней (1689), Всехсвятскую церковь (1687) и надвратный храм Тихвинской иконы Божией Матери (1889). Росписи Троицкого собора выполнены в 1662-1668 годах артелью костромских изографов под руководством Гурия Никитина. Фрески сохранили композиции на библейские сюжеты с преобладанием лазурных фонов.
В XVIII веке монастырь стал центром духовного образования: с 1753 года здесь размещалась Переславская семинария, позже преобразованная в духовное училище. В 1923 году обитель закрыта советской властью; помещения использовались как машинно-тракторная станция, лагерь для военнопленных и воинская часть. Богослужения возобновлены в 1995 году.