Основание монастыря датируется началом XVI века и связано с именем инока Даниила, духовника великого князя Василия III.Монастырь был основан на месте, известном как «Божедомье», где ранее хоронили странников и неимущих.
В 1530–1532 годах, в честь рождения наследника великокняжеского престола, будущего Ивана IV, в монастыре был возведён Троицкий собор. По преданию, старец Даниил стал восприемником (крёстным отцом) новорождённого. Собор был построен ростовским зодчим Григорием Борисовым с привлечением мастеров, среди которых известны имена Третьяка Борисова и Пахомия Горяинова.
В Смутное время монастырь подвергся значительным разрушениям. В 1611 году польско-литовские войска под предводительством Сапеги разорили обитель, уничтожив храмы и монастырские грамоты. Восстановление монастыря началось в середине XVII века. В 1652 году были обретены мощи преподобного Даниила, что способствовало возрождению обители и привлечению паломников.
Во второй половине XVII века монастырь получил значительные пожертвования от боярина Ивана Барятинского, который вложил в обитель более 20 тысяч рублей. В этот период Троицкий собор был расписан артелью костромских и ярославских живописцев под руководством Гурия Никитина и Силы Савина. Фрески, созданные ими, включают сцены Страшного суда и изображение Спаса Вседержителя.
Архитектурный ансамбль монастыря сформировался в XVII–XVIII веках. К числу значимых построек относятся церковь Всех Святых (1687 год), церковь Похвалы Божией Матери с трапезной палатой и настоятельскими покоями (1695 год), а также надвратная церковь Тихвинской иконы Божией Матери (1889 год). Шатровая колокольня, пристроенная в 1689 году, завершает архитектурный облик монастыря.
С 1753 по 1788 год в монастыре размещалась Переславская духовная семинария, а с 1788 года — духовное училище. В 1764 году монастырь получил статус второго класса в составе Владимирской и Суздальской епархии. К началу XVIII века монастырь владел значительными земельными угодьями и насчитывал более 3000 душ мужского пола.
В 1923 году монастырь был закрыт, а его здания использовались для различных хозяйственных нужд, включая размещение машинно-тракторной станции и лагеря для военнопленных. В 1995 году обитель была возвращена Русской Православной Церкви, после чего началось восстановление монастырских зданий и возобновление монашеской жизни.
